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全转录组测序数据分析及案例实践班【2017.03.23-26】

梅斯自营

 内容简介

转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA)。现在主流的非编码RNA又包括:circRMA,microRNAs,及lncRNAs。转录组学是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和 空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量测序技术进行 cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。

基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。通过对转录组测序数据的分析便能观察疾病发生过程中病灶部位内部的基因表达水平变化。在肿瘤研究中,使用RNA-seq技术也可以预测潜在的融合基因。同时,此项研究也能应用在新lncRNA预测和已知lncRNA表达水平研究中。

2017年,生物谷将与国家基因检测技术应用示范中心共同举办本次全转录组测序数据分析及案例实践班,同时,生物芯片上海国家工程研究中心和上海生物信息技术研究中心也将作为协办方共同完成此次培训。

本次培训从生物信息基础语言入门培训,到各类RNA测序分析介绍,再到lncRNA的鉴定与功能推断,最后到R语言基础与作图。整个理论和实操的培训课程下来,相信您对全转录组的生物信息学应用和分析会有一个全面的理解和运用,这也是本次培训班的办学目的。

为此,我们热忱的邀请您参加本次培训班,与您相聚在上海!

 

主要内容

1、 生物信息常用工具及数据库介绍

2、 Perl 语言入门

3、 有参考基因组的RNA-seq分析介绍(mRNA+lncRNA+circRNA)

4、 差异表达分析、可变剪接分析

5、 lncRNA的鉴定与功能推断及lncRNA功能预测工具使用

6、 R语言基础与作图及R语言常见作图答疑

 

 


 培训基本信息

适用人群:科研工作者、在读研究生。

培训地点:上海

培训人数:人数限制50人。

培训时间:2017年3月23-26号

 


 

师资团队 


上海生物信息技术研究中心

上海生物信息技术研究中心成立于2002年,隶属于上海科学院,是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的,专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位,是上海市生物信息学会的依托单位。中心成立以来,建立和发展了包括国际、国内主要生物信息资源数据库在内的整合的数据库体系并建立技术标准,建立了可操作的生物信息资源汇交平台,在上海科委的大力支持下建立了生物信息资源的共享机制,构建了技术支撑体系以及国际、国内广泛的合作渠道。期间投入3000万元建设了强大的硬件基础设施,总计仪器设备542件(套),总CPU个数超过960核,存储超过1PB,拥有良好的网络通讯设施,最大100M的多条Internet网络接入,具有完备的防入侵、防病毒等网络安全设施,为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术支撑服务。 目前,中心已累计申请专利23项,获得专利10项;获得软件著作权117项;中心科研人员在国内外SCI收录的知名学术期刊上发表400余篇研究论文,包括Nature、Nature Genetics、Nature Biotechnology、Science、PNAS、MCP、Oncogene、JBC、JTB、Molecular Systems Biology、PLoS Computational Biology、Bioinformatics、BMC Bioinformatics等,总影响因子超过900。

 

上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心

上海生物芯片有限公司(生物芯片上海国家工程研究中心)(以下简称公司/中心)成立于2001年,是由国家发展与改革委员会批准建设的,我国生命科学领域投资规模最大的工程研究中心之一。公司/中心位于上海浦东张江高科技园区生物医药产业基地,总占地4万平方米,建筑面积2万多平方米,现有员工300余人。

  根据国家发展与改革委员会对“生物芯片上海国家工程研究中心”项目的建设任务要求和公司发展战略,公司化国家工程研究中心致力于生物芯片在生命科学研究、医疗保健和药物开发等领域的应用和推广,通过十余年的建设和发展,确立了公司(中心)的战略目标是建设成为具有国际先进水平和自主研发能力的行业标杆性科技创新型企业,为上海加快成为具有全球影响力的科技创新中心目标,为我国生物医药领域科技创新和产业化做出贡献。战略目标内容是以企业化经营为宗旨,以开展对外融资并重,优化公司资产结构,依托专业公司平台,做实做强生物芯片核心主营业务,不断科技创新,全面提升公司价值,使生物芯片公司成为拥有具世界一流水平、国内技术领先的、拥有全面系统分子生物学技术平台的技术服务和医学分子诊断产品供应商。成为国内以生物样品资源库,分子诊断产品、测序和芯片等技术独特优势为特色的生物医学专业公司。

  至2014年底,公司(中心)已承担国家“863计划”、“973计划”、科技攻关等国家重大重点科研和产业化项目共计80余项,申请和授权专利112项,发表论文200多篇。形成了基因芯片、高通量测序、蛋白芯片、生物组织样品库、组织芯片技术、生物信息数据库系统、药物临床医学研究等技术体系。

 

 

 

日程

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培训费用

理论课程:3300元/人(限50人)

理论+实际操作:5500元/人(限25人)(含数据分析咨询服务)

 

【优惠政策】

1、2016年12月31日之前打款可以享受理论班报名500元减免优惠!

2、2016年12月31日之前打款可以享受理论+实操班报名700元减免优惠。

 

【备注】
1、注册费优惠期限以到款时间为准。
2、培训费用包含午餐费和资料费。如果您需要我们代为安排住宿,请一并告知,住宿统一安排,费用自理。

 


住宿信息

上海博雅酒店(准5星)  标准间(含一早) 798元
上海浦东新区碧波路699号 ,近晨晖路    酒店电话: 021-61621168

上海张江和颐酒店        标准间(含两早)420元

张江高科技园区蔡伦路782号(近哈雷路)   电话: 021-51320101 

喆啡酒店上海张江店     标准间(含两早)320元
上海浦东新区张江路1206号  电话:021-61105666

 

上海景宏商务酒店        标准间(含两早) 180元
上海 浦东新区 张江建中路242弄88号 ,近紫薇路。电话:021-58335858

 

上海张江园区和颐酒店    标准间(含两早)420元

上海浦东新区张江路605号     电话:021-38499588